以实现实物流转与信息流传递的统一为目标，以农产品编码规则为基础，以二维码、条码标签为纽带，通过编码加密和密钥分配建立覆盖生产、收购、储存、运输环节的综合追溯系统。从而实现农产品的“来源可追溯、流向可追踪、信息可查询、产品可召回”的基本功能，系统通过采集多级各环节的农产品质量安全信息，实现对生产、收购、储存、运输档案的电子化管理，建立农产品生产企业、农民专业合作经济组织、家庭农场等形式的规模化农产品生产、收购、储存、运输企业数据库，开发与此相对应的管理系统，并与全国追溯信息数据库对接，最终建立从中央级到省级、县级的分布式追溯监管系统。

       系统的功能分别是：在生产加工管理子系统中，其核心功能是提供农产品生产加工的档案管理和信息上传。生产加工的档案信息应包括农业投入品的名称、采购地点、购入数量、产品批准文号、用法、用量、使用和停用日期、休药期、间隔期、使用人等；动物疫病、植物病虫草害发生和防治情况；动植物屠宰、捕捞、收获日期等，保证农产品基础质量信息的完整与准确。另外，还包括检测证明、质量证明、产地准出证明、动物检疫合格证明等信息的管理。在批发或零售管理子系统中，其核心功能是进货查验、入库和出库管理、运输及销售管理等。县级和省级追溯子系统负责不同级别编码、公钥分配、企业身份认证与登记及信息审核与上传等功能。基于以上子系统，建立信息完整、准确的国家农产品质量信息数据库，在此数据库基础上提供执行监管追溯查询和公众服务查询。需要特别说明的是，所有信息都基于主体，主体的地理位置（经纬度表示）是必要信息，基于这些信息，不管是监管还是公众都可享受到本系统提供的基于地图的系列服务，并可通过启动后台的GIS空间分析功能，实现农产品质量的分区预警。